Viện Công Nghệ và Chuyển Đổi Số IDT sẽ hoạt động theo cơ cấu như sau:
1. Hội đồng quản lý Viện
2. Ban điều hành: Viện trưởng, các Phó Viện trưởng
3. Ban chuyên môn: Là các Khối Trung tâm – Khai thác ứng dụng triển khai với chức năng nghiên cứu triển khai các chương trình, dự án, và/ hoặc các sự kiện cụ thể với đội ngũ cán bộ, nhân viên làm việc chính thức và làm việc kiêm nhiệm. Các Khối trung tâm chuyên môn gồm: Trung tâm Chuyển đổi số, Trung tâm Điện tử – Điện tử công suất, Trung tâm Công nghệ Sinh học Nông nghiệp, Trung tâm Công nghệ Đổi mới sáng tạo, Trung tâm Nghiên cứu – Đào tạo.
4. Các phòng, ban: Phòng Kế hoạch – Tổ chức, Phòng Tài chính – Kế toán, Phòng Truyền thông – Đối ngoại, Phòng Pháp chế.
5. Hội đồng khoa học.
6. Hội đồng cố vấn.
